更新されていたので install 手順のファイル名を修正。

Android SDK/NDK install 手順

cygwin を使ってる場合以前の NDK r5 には問題がありました。
具体的には下記の通り。

・コンパイルエラーが発生したときに DOS path のままの依存ファイル(*.d)が残ってしまう
・依存ファイルの cygdrive パス置換 awk script が、1つの行に複数ファイル名が書かれているケースに対応していない

ちょうど ndk の build script を書き換えて対応していたところでしたが
r5b で修正されたようです。

その代わり r5b でそのまま通らなくなったプロジェクトがありました。
cygwin の symbolic link を使っていたためで、高速化のためにパスの扱いが
変更になったようです。

export NDK_USE_CYGPATH=1

を設定しておくことで従来と同じ動作となりコンパイルが通ります。