Android NDK r9d の GLES2/gl2ext.h には、本来無いはずの "include gl2.h" が
追加されているために、OpenGL ES 3.0 と組み合わせて利用できなくなっています。
r9d で追加されたようです。

#include <GLES2/gl2.h>

GLES3/gl3ext.h は中身が空なので、例えば GPU 固有のテクスチャフォーマット
PVR, ATC, DXT 等のシンボルを用いるには gl2ext.h を include する必要がありました。

とりあえずの対処としては、
Android の場合だけ __gl2_h_ を定義してしまう方法があります。

#define __gl2_h_   // 追加
#include <GLES3/gl3.h>
#include <GLES2/gl2ext.h>

Android 以外や Khronos のヘッダファイルでは問題ありません。


関連エントリ
Android NDK r9d の armeabi-v7a-hard と ABI
iPhone 5s の Apple A7 GPU
Nexus 7 (2013) の Adreno 320 と OpenGL ES 3.0 (Android 4.3)
OpenGL ES 3.0/OpenGL 4.x Uniform Block