Android SDK は ADT r20 から NDK Plugin が追加されています。
開発手順が IDE 上で統合できるので非常に楽になりそうです。

まずは ADT の install 時に "NDK Plugins" が出てくるので追加しておきます。

1. Eclipse から Menu の Help → Install New Software...
2. [Add...] ボタン
  Name: ADT
  Location: https://dl-ssl.google.com/android/eclipse/
 (すでに ADT を install しているならプルダウンから選ぶ)
3. Developer Tools と NDK Plugins にチェックを入れて Next


ADT の install 後に、NDK のパスを設定する必要があります。

1. Eclipse Menu の Window → Preferences
2. Android → NDK → NDK Location
3. android-ndk-r8b 等のフォルダを設定


プロジェクトを設定します。

1. プロジェクトを選択して右ボタンメニュー
2. Android Tools → Add Native Support...
3. ライブラリ名を登録


NDK Sample で試してみます。

1. eclipse 起動
2. Menu の File → New → Project... → Android Project from Existing Code
3. Root Directory に ndk の samples から任意のパス設定
  ・~ android-ndk-r8b\samples\hello-gl2 など
4. Projects のリストにチェックが入ってることを確認して Finish
5. 登録されたプロジェクトを選択して右ボタンメニューから
  ・Android Tools → Add Native Support...


cpp のソースコードを開くとエラーが出るので、
とりあえず Code Analysis をすべて切っています。

1. Menu の Window → Preferences → C/C++ → Code Analysis
2. チェックを全部外して OK
3. eclipse を起動し直す


これで NDK sample も build して実行できるようになりました。

1. Project を選択
2. Menu の Project → Build Project
3. Project 選択して右ボタンメニューから Run As → Android Application


Native コードをデバッグするには AndroidManifest.xml を書き換えておきます。
application に android:debuggable="true" を追加。

↓hello-gl2 の例
  ~
  <application
       android:debuggable="true"
       android:label="@string/gl2jni_activity">
  ~


Native code もデバッグ実行できます。

1. Project を選択
2. 右ボタンメニューから Debug As → Android Native Application

break や step できました。


Wiki も更新しています。

Android SDK/NDK install 手順